L’Université Antonine (UA) est dirigée par son Recteur assisté du Conseil administratif, sous la direction du Supérieur général de l’Ordre antonin maronite (OAM), secondé par le Conseil des fiduciaires.

Depuis sa fondation, l’UA s’est engagée à fournir une éducation de qualité, à promouvoir la recherche interdisciplinaire et contextualisée et à améliorer le bien-être durable de ses communautés locales et élargies. À cet effet, l’Université a choisi d’adopter un modèle de gouvernance partagée pour diriger son organisation. Ainsi, sa structure s’articule autour d’instances ayant pouvoir d’autorité, de cellules centrales ainsi que d’entités ayant qualité de représentation. Ces instances peuvent être classées en 2 catégories principales. La première est constituée d’instances unipersonnelles composées du Rectorat, des doyens des facultés et des directeurs de départements. La seconde comprend les organes collégiaux, parmi lesquels le Conseil administratif, le Comité académique et les conseils des facultés et des départements. Ces organes travaillent sous l’égide de la direction responsable. Selon le Statut Organique, chaque autorité est habilitée à remplir des rôles distincts dans le cadre de la gouvernance partagée.

Le Rectorat exerce une haute surveillance sur l’institution. Il se compose du Recteur, du Secrétaire général (SG), de l’Économe, du Vice-recteur exécutif (EVR), qui exerce simultanément les fonctions de Directeur du Bureau des initiatives stratégiques et de l’assurance qualité (ISAQ), du Vice-recteur aux affaires académiques (VRAA), du Vice-recteur à la recherche (VRR), du Vice-recteur à l’administration (VRA), du Vice-recteur au développement humain intégral (VRIHD) et du Vice-recteur à la coopération et à l’internationalisation (VRCI). Ces membres exercent un rôle de gérance, traitent conjointement les questions d’importance cruciale et se tiennent mutuellement informés des changements qui surviennent dans leurs domaines de responsabilité. En outre, les organes de gouvernance de l’UA sont responsables de la rédaction des statuts, de la participation au processus décisionnel, de la mise en œuvre et de la hiérarchisation du plan stratégique et des initiatives fondées sur les valeurs de l’UA : vérité, excellence, diversité, intégrité, responsabilité et beauté. Ils supervisent l’administration de l’Université, gèrent ses actifs financiers, veillent au bon déroulement de ses opérations et suivent les progrès accomplis dans la réalisation des objectifs institutionnels tels que définis par le Conseil de l’UA.