Le L3S est composé de 4 sous-unités ou équipes travaillant sur des domaines de recherche spécifiques. 

Qualité de vie et performance (QVP)  

L’équipe QVP mène des recherches sur des sujets incluant l’entraînement, l’activité physique, la physiologie de l’exercice, ainsi que la santé physique et mentale. 

Politiques sportives, institutions, histoire et patrimoine (PI2H)  

L’équipe PI2H travaille sur des études liées au marketing, à la gestion, à l’histoire et à la sociologie. 

Éducation physique, motricité et enseignement adapté (3E)  

L’équipe 3E mène des recherches en didactique et en pédagogie. 

Santé, mouvement et réadaptation (SMR)  

L’équipe SMR travaille sur des études dans les domaines des soins, de la biomécanique, de la réadaptation et de la réathlétisation.