Grâce à la vision ambitieuse de l’Ordre antonin maronite (OAM), qui ne se limite pas à accueillir en son sein les frères étudiants, l’Ordre a cherché à créer une université depuis les années 1960. Cependant, ce désir ne s’est concrétisé que le 5 octobre 1996, lorsqu’un décret signé par la Présidence du Conseil des ministres a accordé à l’Université Antonine (UA) le droit d’établir plusieurs facultés et instituts sous la direction du Père Louis Rohban.

Durant son mandat, l’UA a ouvert une succursale à Nabi Ayla–Zahlé, offrant ainsi aux jeunes générations la possibilité de poursuivre des études supérieures tout en contribuant positivement à leurs communautés.

Le flambeau a ensuite été transmis à l’Abbé Antoine Rajeh, qui a commencé à promouvoir les publications de l’Université et obtenu en 2009 l’autorisation de créer une maison d’édition. En 2007, la première pierre du troisième Campus de l’Université a été posée à Mejdlaya–Zgharta, et les cours y ont débuté le 27 mars 2009.

En 2011, la direction de l’Université a été confiée au Père Germanos Germanos. Durant cette période, le Campus a connu une expansion et une réorganisation majeures, avec la construction de bâtiments distincts pour chaque faculté et le lancement de projets de rénovation ambitieux.

De plus, un nouveau monastère a été construit surplombant l’Université, servant de lieu de rassemblement pour célébrer les étapes marquantes de l’UA et unir les communautés internes et externes à travers des événements religieux et culturels.

Sur le plan académique, le plus grand accomplissement a été l’engagement dans un processus d’accréditation institutionnelle conformément aux normes établies par l'Agence suisse d'accréditation et d'assurance qualité (AAQ).

En 2017, Père Michel Jalakh a entamé son mandat de 6 ans avec une vision claire : faire de l’Université une institution centrée sur l’étudiant.

En révisant la mission, la vision et les valeurs de l’UA, il a cherché à renforcer l’engagement indéfectible de l’Université envers la transformation sociétale. Un des succès notables de son mandat a été la création du Vice-rectorat au le développement humain intégral (VRIHD), chargé de promouvoir une culture de la santé mentale et du bien-être, du Vice-rectorat à l’administration (VRA), supervisant les affaires administratives du personnel académique et administratif ; et du Vice-rectorat à la coopération et à l’internationalisation (VRCI), dédié au renforcement des capacités du personnel et à la mobilité des enseignants et des étudiants.

L’apogée de cette quête vers l’excellence a été atteinte en 2017 lorsque l’UA a obtenu l’accréditation institutionnelle de l’AAQ. Ce succès a été suivi par une accréditation décernée au Département de physiothérapie (DPT) par la « World hysiotherapy » en 2018 et une autre pour les programmes de la Faculté de musique et de musicologie (FMM) par l’agence européenne d’assurance qualité pour la musique (MusiQuE) en 2020. Malgré les bouleversements sans précédent traversés par le pays ces dernières années, la principale préoccupation du Père Jalakh a été de naviguer dans la crise et de gérer l’incertitude extrême et inévitable engendrée en ces temps difficiles, tout en veillant à ce que l’Université maintienne des normes éducatives élevées pour ses programmes de premier et de deuxième cycle.

En rétrospective, août 2023 apparaît comme un carrefour symbolique où les réussites passées de l’UA se préparent à embrasser ses ambitions futures. Sous la direction du nouveau Recteur, Père Michel Saghbiny, l’Université s’est engagée dans un nouveau mandat de 6 ans, déterminée à poursuivre la mission bien pensée initiée lors du mandat précédent et à renforcer davantage les fondations posées par ses prédécesseurs.